固定相とそれに接触しながら移動する移動相に試料を導入すると、固定相に対する溶解や吸着の程度の違いにより 物質の移動速度は異なります。このことを利用して混合物を分離および構成成分の定性・定量分析を行う分析手法を クロマトグラフィーといいます。ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）は移動相として気体を使用する手法です。 ＧＣ／ＭＳはその後段に質量分析器（ＭＳ）を設置したものです。ＭＳはイオン化した分子に電場・磁場をかけることで、 質量数ごとに分離する装置で、ＧＣにより分離した物質をさらに質量数ごとに分離することで、化合物の構造解析や 定量分析を行うものです。


上のスペクトルは、PCBsを含む試料を測定したものです。一番上がTIC（Total Ion Chromatogram） とよばれるスペクトルで横軸は時間であり、カラム内の保持時間の差からGCによって成分ごとに分離された様子がわかります。 後段のMSで質量数ごとに分離することにより、中段および下段のようなスペクトルを得ることができます。 それぞれ、H5CBs（ベンゼン環の水素が五つ塩素に置換されたPCBS）、H6CBs（同六置換体）であり、各ピークは 異性体（塩素の置換位置の違うもの）を表してます。 各ピーク面積は試料中濃度と対応しているため、異性体ごとの濃度まで知ることができます。